Hace mucho tiempo, una secta de espadachines conocida como Sword of Logos protegía el Tomo de la Omnisciencia, un poderoso libro de historia que contiene todo lo conocido por el hombre; mitos, criaturas, historias, ciencia, tecnología y la evolución de la civilización humana. Sin embargo, hace miles de años, un traidor que trabajaba para Megiddo intentó robarlo para sí mismo. Como resultado, el Tomo desapareció y cada una de sus páginas se esparció por todo el mundo.
En el presente, el joven novelista Tōma Kamiyama ha estado teniendo sueños de otra dimensión donde es testigo de espadachines y monstruos saliendo de un libro de cuentos, y una “chica misteriosa” pidiendo ayuda. Un día, ocurre un extraño fenómeno sin previo aviso; una parte de la ciudad desaparece, reapareciendo en una dimensión alternativa, llamada Wonder World, una dimensión infinita del tamaño de las páginas de un libro. La dimensión es el hogar de criaturas mágicas que atacan sin dudarlo, sumiendo a la gente en el miedo y la confusión. Mientras Tōma y su amiga Mei quedan atrapados en este fenómeno, el ataque le recuerda a Tōma su sueño cuando es atacado por un monstruo misterioso.
Como si estuviera respondiendo a su propia voluntad, Tōma aprovecha el poder del Dragón rojo mientras se fusiona con su cuerpo, convirtiéndolo en Kamen Rider Saber. La batalla entre el mundo real y Wonder World tiene un final, y solo Tōma puede escribirlo mientras el destino del mundo cae en sus manos.