En la academia ninja de Hayate hay tres pupilos que no terminan de encajar. Pero como su maestro cree que tienen potencial, suele pasar las mañanas entrenándoles de forma regular y rigurosa. Mientras los otros estudiantes están celebrando su graduación, un grupo de malvados ninjas alienígenas conocidos como los Jakanja se infiltran en la academia y matan a casi todos los estudiantes. El maestro, Mugensai, se convierte a sí mismo en un hámster para evadir a sus perseguidores. Después, se lleva al trío a una base secreta para que se conviertan en los legendarios Hurricaneger, y así combatir a Jakanja. Más adelante, tendrán que enfrentarse también a dos hermanos ninja de la academia de Ikazuchi, por la rivalidad de las dos academias. Con la ayuda del misterioso Shurikenger, los dos grupos ninja dejarán la rivalidad a un lado y unirán fuerzas en la lucha contra Jakanja.
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