Hace siglos, el malvado señor feudal Gengetsu Kibaoni fue asesinado por el clan ninja Igasaki, antes de que este renunciara a su humanidad para convertirse en Yōkai. En su primer intento de renacer, Kibaoni fue derrotado y Yoshitaka Igasaki, un hombre conocido como el Last Ninja,Notas 2 le selló. Sin embargo, tres generaciones más tarde, Kibaoni fue liberado por Kyūemon Izayoi. Como solo los que tienen la sangre de los Igasaki pueden detener a los destructivos Yōkai, el hijo de Yoshitaka, Tsumuji Igasaki, recluta a los Ninninger, sus hijos Takaharu y Fūka, y los primos de estos Yakumo Kato, Nagi Matsuo y Kasumi Momochi, para que aprendan el Shuriken Ninpō (手裏剣忍法 Shuriken Ninpō?) de su clan y luchen contra el Ejército Kibaoni.