Hace trece años en el calendario de la Nueva Era Común (新西暦 Shinseireki?), la computadora que controlaba la nueva fuente de energía recién descubierta llamada Enetron (エネトロン Enetoron?) fue infectada por un virus que la hizo crear a la entidad maligna conocida como Messiah, que desea conquistar a la humanidad y crear un mundo para las máquinas. Aunque le enviaron a otra dimensión virtual llamada “subespacio” con el sacrificio de los científicos del Centro, las acciones de Messiah establecieron la formación de la Unidad de Operativos Especiales del Centro de Administración de Energía a partir de tres niños que se vieron atrapados en el fuego cruzado, y que tras sufrir los efectos secundarios de aquello, fueron entrenados para controlar sus nuevas habilidades y convertirse en los Go-Busters. En la actualidad, una misteriosa figura llamada Enter lidera a un grupo llamado Vaglass en incursiones en el mundo real para conseguir el suficiente Enetron para traer de vuelta a Messiah. Los Go-Busters y sus compañeros Buddy RoidsNotas 2 serán los encargados de combatir contra Vaglass y sus MegaZords para proteger el Enetron de la ciudad y evitar que se hagan con él.