Hace siglos, el malvado señor feudal Gengetsu Kibaoni fue asesinado por el clan ninja Igasaki, antes de que este renunciara a su humanidad para convertirse en Yōkai. En su primer intento de renacer, Kibaoni fue derrotado y Yoshitaka Igasaki, un hombre conocido como el Last Ninja,Notas 2 le selló. Sin embargo, tres generaciones más tarde, Kibaoni fue liberado por Kyūemon Izayoi. Como solo los que tienen la sangre de los Igasaki pueden detener a los destructivos Yōkai, el hijo de Yoshitaka, Tsumuji Igasaki, recluta a los Ninninger, sus hijos Takaharu y Fūka, y los primos de estos Yakumo Kato, Nagi Matsuo y Kasumi Momochi, para que aprendan el Shuriken Ninpō (手裏剣忍法 Shuriken Ninpō?) de su clan y luchen contra el Ejército Kibaoni.
los capítulos están mal colocados porque en el capitulo 14 muestra el capitulo 19
Varios de los capítulos, si no es que todos, tienen links incorrectos y muestran capítulos que no son